Nous proposons un service d'extraction d'ADN à haut débit sur robot de pipetage sur différents types de matériel avec différentes chimies d'extraction en billes magnétiques. Possibilité de contrôles qualité et de dosage/normalisation des ADNs.
Nous proposons également un service d'extraction d'ADN de haut poids moléculaire pour des échantillons séquencés sur nos équipements ONT et PacBio.
Microsatellites (SSR)
La plateforme propose du génotypage SSR en marquage fluorescent direct ou indirect (M13).
Nous proposons plusieurs niveaux d’intervention :
Single Nucleotide Polymorphism (SNP)
La plateforme propose diverses technologies pour le génotypage SNP (Single Nucléotide Polymorphism) en simplex ou en multiplex et ce en fonction du nombre d’échantillons et du nombre de SNP à détecter (SNP Pace Assay sur LC 480 ou Fluidigm Biomark, puces d'hybridation Axiom Thermo)
Génotypage SNP par Séquençage (GBS) AgriSeq Thermo
La plateforme propose depuis juillet 2021 une solution de génotypage par séquençage (GBS) AgriSeq Thermo. Cette solution permet de génotyper de 300 à 3000 marqueurs SNP sur plusieurs milliers d'individus. Le panel SNP est synthétisé pour 6000 échantillons et utilisable pendant 3 ans.
La plateforme dispose de 2 séquenceurs Long readsPacific Biosciences Revio et Sequel 8M. Gentyane est Service Provider Pacific Biosciences pour la France. Nous disposons également depuis décembre 2024 d'un séquenceur ONT P2i, prestation proposée également en service.
Depuis septembre 2024, la plateforme propose des prestations de séquençage courts fragments sur séquneceur Aviti commercialisé par Element Biosciences. La qualité des données produites est supérieure à Illumina pour un coût inférieur. N'hésitez pas à nous soliciter.