Génotypage par Chimie KASPar sur puce Dynamic Array™ IFC 96*96

La chimie KASPar permet de réaliser du génotypage SNP en simplex. Elle repose sur l’utilisation d’assays comprenant 3 amorces ; 2 étant allèles spécifiques et l’autre commune. L’amplification spécifique de chaque allèle est alors couplée à une émission de fluorescence particulière.

Les puces IFCs Dynamic Arrays permettent l'assemblage automatique des mix PCR avec l'ensemble des échantillons d'ADN grâce à leurs microcanaux et aux chambres réactionnelles de 6.7nl. Commercialisé par la société Fluidigm®, le Biomark™ HD Reader permet de réaliser la PCR compétitive ainsi que la lecture de puce. Une puce permet de génotyper 95 individus avec 96 marqueurs soit 9120 points de génotypage en un seul run.

• Type de projet :
  Technique adaptée pour des projets comportant entre 96 et 960 marqueurs SNP
• Echantillon :
  Nécessite 4µl d’ADN à 60ng/µl pour 96 marqueurs.
• Support :
  Analyses réalisées en puce IFC Dynamic Arrays 96*96.
• Matériel utilisé :
  puce IFC Dynamic Arrays 96*96 /  IFC Controller HX / Juno / Biomark™ HD Reader
• Débit :
  4 puces/jour
• Logiciels d’exploitation des résultats :
  Fluidigm SNP Genotyping Analysis